در این کمیسیون جمعی از متخصصان زنان و زایمان، جنین شناسی، آندرولوژی و ژنتیک به بررسی موارد خاص درمان ناباروری می پردازند. در برخی موارد، به دلیل پیچیدگی هایی که در روند تشخیص علت و یا نحوۀ درمان زوجین وجود دارد، درمان ناباروری در چهارچوب دستورالعمل های تعریف شدۀ مرکز امکان پذیر نیست. در این موارد، تصمیم گیری دربارۀ روند درمانی زوجین نیازمند هم فکری جمعی از متخصصان و مشاوران در کنار یکدیگر و در جلسات مشترک است تا بهترین و مناسب ترین روش درمانی برای زوجین انتخاب شود. این کمیسیون هر ماه در دو نوبت تشکیل می شود.