مشاورۀ جنین شناسی: این مشاوره در روش‌های کمک باروری توسط متخصص جنین شناسی انجام می‌شود. در این مشاوره به پرسش‌های گوناگون زوج دربارۀ ناباروری و روش‌های کمک باروری پاسخ داده می‌شود و توضیحات لازم در مورد نوع درمان و شیوۀ درمانی انتخاب شده برای زوج ارائه می‌شود.

مشاورۀ عفونی: متخصص عفونی، خدمات تشخیصی و درمانی زیر را برای نخستین بار در کلینیک‌های درمان ناباروری ایران به زوج‌های نابارور ارائه می‌کند: بررسی علل بیماری‌های عفونی در درمان ناباروری و سقط جنین، بررسی و درمان بیماری‌های عفونی در دوران بارداری و پیشگیری از انتقال آن به جنین، بررسی وضعیت بهداشتی و سابقۀ واکسیناسیون مادر قبل از دوران بارداری، بررسی اهدا کنندگان و دریافت‌کنندگان تخمک و جنین از نظر بیماری‌های عفونی، بررسی امکان باروری در زوج‌های مبتلا به عفونت‌های سیستم تولید مثل یا دیگر عفونت‌ها.

مشاورۀ ایمونولوژی: امروزه نقش عوامل ایمونولوژیک در ایجاد ناباروری و سقط مکرر کاملاً شناخته شده است. بر اساس تحقیقات انجام شده، علت 70 درصد از موارد سقط مکرر عوامل ایمونولوژیک است. همچنین در بسیاری از ناباروری‌ها، به ویژه موارد مربوط به امکان باروری تخمک، تشکیل جنین و جایگزینی جنین در رحم، نقش عوامل ایمونولوژیک ثابت شده است. از این رو، بررسی زوج‌های مبتلا به سقط مکرر یا شکست مکرر در روش‌های کمک باروری برای شناخت عوامل ایمونولوژیک تأثیر گذار در ناباروری و سقط مکرر، از اهمیت بسیار برخوردار است. با توجه به این موارد، مرکز فوق تخصصی درمان ناباروری و سقط مکرر ابن‌سینا، امکان مشاوره، بررسی، تشخیص و درمان عوامل ایمونولوژیک در زوج‌های نابارور و همچنین زوج‌های مبتلا به سقط مکرر یا شکست مکرر در روش‌های کمک باروری را فراهم کرده است.

مشاورۀ ژنتیک: آگاه کردن والدین از امکان بررسی بیماری‌ها و اختلال‌های ژنتیکی جنین قبل از بارداری و پیش از تولد، می‌تواند در ادامۀ بارداری و تولد یک فرزند سالم نقشی بسیار مؤثر و تعیین کننده داشته باشد. این مرکز با ارائۀ مشاوره‌های ژنتیکی و انجام تست‌های تشخیصی قبل از لانه گزینی و تولد، می‌کوشد از تولد نوزادانی با مشکلات ژنتیکی پیشگیری کند. در بخش ژنتیک، خدمات تشخیص جنسیت نیز به صورت انتخابی نیز به زوج‌های بارور ارائه می‌شود.

مشاورۀ داخلی- غدد: با توجه به ضرورت بررسی دقیق سلامت زوج‌ها برای انجام روش‌های جراحی تشخیصی یا درمانی و همچنین تشخیص و درمان بیماری‌های غدد درون ریز و متابولیک و نیز بررسی سلامت متعارف زوج‌ها در درمان‌های جایگزین، این مرکز با ارائۀ خدمات مشاورۀ داخلی و غدد و انجام تست‌های تشخیصی لازم، قبل از شروع هرگونه درمان ناباروری و سقط مکرر، زوج‌ها را مورد بررسی و ارزیابی قرار می‌دهد.

مشاورۀ روانپزشکی و روانشناسی: همۀ زوج‌ها و افراد اهدا کننده یا دریافت کنندة جنین و گامت باید از نظر بهداشت روانی در وضعیت سالم و با ثبات باشند. بررسی این موارد برای کمک به افراد در رویارویی صحیح و مناسب با استرس و اضطراب‌هایی که با آن مواجه‌اند، با بهره گیری از خدمات روان درمانی و دارو درمانی در جلسه‌های مشاوره انجام می‌شود. در این مشاوره‌ها با هدف بررسی و حل و فصل معضلات خانواده در مواجهه با استرس ناباروری و نیز رویارویی با بارداری، فرزند جدید، اهدا و نیز دیگر مسائل روانشناختی مرتبط با ART (روش‌های پیشرفتۀ کمک باروری)، خدمات روان درمانی حمایتی، روان درمانی شناختی- رفتاری، آرام سازی و تمدد اعصاب، روان درمانی پویا، روان درمانی بخش گرا، زوج درمانی، تست‌های روان شناختی هوش، شخصیت و آزمون‌های غربالگری ارائه می‌شود.

مشاورۀ سلامت جنسی: خدمات تخصصی درمان مشکلات جنسی و آمیزشی از مشکلات موجود زوج‌ها، به ویژه زوج‌های جوان است که بر ارتباط بین زن و شوهر تأثیر می‌گذارد و موجب بروز مشکلات ارتباطی و زناشویی می‌شود. بسیاری از زوج‌ها گمان می‌کنند پرداختن به درمان این‌گونه مشکلات غیر ضروری است و یا در صورت احساس ضرورت، نمی‌دانند به کجا و به چه پزشک متخصصی مراجعه کنند. از آنجا که تا کنون در ارتباط با تشخیص علل و رفع این معضل در مرکز فوق تخصصی ابن سینا، برنامه ریزی تخصصی انجام شده است، مشاورۀ فوق تخصصی درمان مشکلات جنسی و آمیزشی، با فراهم بودن تجهیزات و تست‌های تشخیصی لازم برای بررسی تخصصی و درمان این مشکلات در زوج‌ها ارائه می‌شود.

مشاورۀ حقوقی: برخی روش‌های درمان ناباروری مانند اهدا و پذیرش جنین بر اساس قوانین و مقررات کشور، وظایف و حقوق خاصی برای متقاضیان ایجاد می‌کند. از این رو، بخش مشاورة حقوقی این مرکز با بهره مندی از متخصص حقوق پزشکی (مورد تأیید کانون وکلای دادگستری)، پاسخگوی پرسش‌های اهدا کنندگان و دریافت کنندگان گامت یا جنین اهدایی است.

مشاورۀ تغذیه: رژیم غذایی پیش از بارداری از جنبه‌های مختلف بر شانس لقاح و یا موفقیت بارداری اثر دارد. زنان لاغر و همچنین زنان و مردان چاق در معرض خطر ناباروری قرار دارند. بنابراین، وزن خانم‌هایی که تصمیم به بارداری دارند، باید در محدودۀ طبیعی قرار گیرد. این امر با رعایت برنامه‌های تغذیه‌ای قابل دسترسی است. اهداف این مشاوره کاهش و افزایش وزن با اصلاح عادت‌های غذایی، شناسایی و تصحیح کمبودهای تغذیه‌ای و ارائۀ برنامه‌های غذایی مناسب برای دوران بارداری و شیردهی است.