یکی از علل ناباروری و سقط مکرر عوامل ایمونولوژیک یا عوامل مربوط به سیستم ایمنی است. سیستم ایمنی بدن وظیفۀ دفاع از بدن در برابر هجوم عوامل خارجی، مثل ویروس‌ها و باکتری‌ها را دارد. اما گاه سیستم ایمنی بافت‌های بدن را به‌عنوان عنصر مهاجم شناسایی می‌کند و به آنها حمله می‌کند. به این وضعیت بیماری اتوایمیون یا خودایمنی گفته می‌شود. در ادامه به برخی از بیماری‌های خودایمنی که مانع بارداری می‌شوند، اشاره می‌کنیم:

- لوپوس: در این بیماری خودایمنی، سیستم ایمنی بدن بیش از حد فعال می‌شود و به بافت‌های سالم حمله می‌کند و باعث تورم، التهاب، آسیب به مفاصل، پوست، کلیه‌ها، خون، قلب و ریه می‌شود. انواع مختلفی از لوپوس مشاهده شده است؛ لوپوس اریتماتوس سیستمیک یا لوپوس منتشر، لوپوس پوستی، لوپوس ناشی از دارو و لوپوس نوزادان از انواع لوپوس‌اند.

- آرتریت روماتوئید: در این بیماری خودایمنی، سیستم ایمنی به مفاصل و بافت‌های اطراف آن حمله می‌کند و باعث التهاب و درد در مفاصل، بافت‌های اطراف مفاصل و دیگر اعضای بدن می‌شود. آرتریت روماتوئید معمولاً در انگشتان دست و پا نمایان می‌شود، اما هر مفصلی را ممکن است درگیر کند. بیماران مبتلا به آرتریت روماتوئید اغلب از خشکی مفاصل رنج می‌برند و احساس ناراحتی و خستگی مزمن دارند.

- بیماری کرون: یکی از بیماری‌های التهابی مزمن روده است که علت ایجاد کننده‌ی آن هنوز ناشناخته است. این بیماری گاهی اوقات به نام بیماری التهابی مزمن روده نیز شناخته می‌شود، البته تنها بیماری مزمن روده‌ای نیست. بیماری کرون به طور عمده باعث ایجاد زخم (شکاف در پوشش) روده‌ی کوچک و روده‌ی بزرگ می‌شود، اما می‌تواند سیستم گوارش را در نقاط دیگر از دهان تا مقعد تحت تأثیر خود قرار دهد. بیماری کرون می‌تواند در روده کوچک، روده بزرگ یا هر دو بروز کند.

- سندرم رایتر: به معنی ایجاد التهاب در یک مفصل به دنبال عفونت در دیگر قسمت های بدن است. سندرم رایتر که نوعی از آرتریت واکنشی است که مجموعه‌‌ای از علایم مختلف به همراه دارد. عمده‌ترین علائم آن عبارتند از آرتریت (التهاب مفاصل)، اورتریت (التهاب‌ یا عفونت‌ مجرای‌ ادرار) غیر گونوکوکی و التهاب چشم.

- اسکلرودرما: در این بیماری خودایمنی، سیستم ایمنی به بافت‌های هم‌بند و عروق حمله می‌کند. در نوع موضعی آن، تغييرات فقط در قسمت‌های خاصی از پوست و بافت‌های زير آن بروز می‌یابد و بر اندام‌های داخلی اثر نمی‌گذارد. اما در نوع منتشر آن، علاوه بر پوست، عروق خونی، مفاصل، سيستم گوارش (مری و روده)، ریه، قلب، كليه و ماهيچه‌ها نيز درگير می‌شوند. ورم صبحگاهی مفاصل و تورم پوست پنجه‌ها و انگشتان و سفت شدن پوست در دست‌ها و بازوها و صورت از علائم این بیماری‌اند.

- بیماری سلیاک (عدم تحمل گلوتن): یک اختلال گوارشی است که در آن سیستم ایمنی به گلوتن واکنش می‌دهد؛ پروتئینی که در گندم، جو و چاودار وجود دارد.این واکنش به پوشش رودۀ کوچک آسیب می‌زند و مانع جذب مواد مغذی می‌شود. اسهال یا یبوست، کم‌خونی، کاهش وزن، خستگی، ضعف، درد شکمی، نفخ و استفراغ از علائم این بیماری‌اند.

- بیماری هاشیموتو: این بیماری خودایمنی باعث اختلال در عملکرد غده تیروئید می‌شود. در بیماری هاشیموتو (تیروئیدیت لنفوسیتی مزمن)، سیستم ایمنی بدن به غده تیروئید حمله می‌کند و باعث کاهش ترشح هورمون تیروئید می‌شود. گواتر (بزرگ شدن غده تیروئید)، افزایش وزن، خشکی پوست، ورم یا پف صورت، ضعف عضلانی در پایین‌تنه و درد مفاصل و افزایش مدت و حجم خونریزی قاعدگی از علائم این بیماری‌اند.

در کلینیک سقط مکرر مرکز درمان ناباروری ابن سینا خدمات تشخیصی و درمانی مربوط به ناباروری و سقط مکرر ناشی از اختلالات سیستم ایمنی ارائه می‌شود.