بیشترین عوارض پروژسترون در مورد عوارض پروژسترون های سنتتیک (صناعی) می باشد و ترکیبات پروژسترون طبیعی مانند سیکلوژست برای جنین ضرری ندارد.

عوارض جنینی پروژسترون های صناعی مانند شکاف لب؛ شکاف کام و هیپوسپادپاس و عوارض قلبی مانند VSD و PDA به همین علت از پروژسترون های صناعی در بارداری استفاده نمی شود.

عوارض مادری پروژسترون:

عوارض شایع: سردرد، درد و تورم پستان ها، درد معده، سرگیجه، افسردگی، لرز، درد قفسه سینه، سندرم مشابه آنفولانزا، سرفه، گلودرد، تب، تهوع و استفراغ، اسهال، یبوست

عوارض جدی: تورم در ساق و مچ پا و انتهای ساق، لخته خون، حمله قلبی، تأخیر قاعدگی یا خونریزی بعد از قطع دارو

عوارض نادر: تغییرات خلق و خو در خانم های بالای 60 سال، احتمال دمانس دارد.